mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGCAACTCTCCTTTGGCAGGC CTGCCAGAGGAGAGCTGCCTA AAAACACTATCTAAATAACTTCGAGTTAAAGACAGTCGCAGGGCAACTCTCCTTTGGCAGGCCGTTTTGGTGAATTCAATCGCTACATGGCGATCGATCAAAGCTAGTAGCAGCTGGTATATACATACATGCACATAACCAACCGATATATGATGGTCTATCAAAGGCCACCATGTATATATATACACAATGCAATCACATATGGATGATTGCAATGTAGCACCATGGCCGGACTGTATATACCTTGGATGCATATACAATTACAAAATCACCTAGAATGCACCTGCCAGAGGAGAGCTGCCTACTACTGTCTTCAACTAGTTCTTGCACCTCTCTCACATC GACAAAGCTGGGTACCGGGCCCCCCCTCGAGACAGCAGCCACGCTGCACGTAGACCTCAGTTGCCGCCGGTGATCTAGGACAACATGGGTGGCAGTATAAAAAGAGTACTATAAATTTTATATTTGGGATGAAAGAAGTACTAAATTTATAGTAAAAATTATTAGAAGTAGTTGCCGCCCAGACTTCGTTTACTTTTCTCGGTAACATATGTAAAAATTATTAATTGCTACAGTATGCTCTTTATCACTCAGGCTTGGAACTCCACAACTGAAGTAGCCAGTCATAGGCGATAATCTGCTTCTAGTAGAGACAAGAGAGTTAGTAGTACACCTCGTGCTTTAATAACATATCTCCGATATATATCTTACAAGAAGGAGCATATTTTTTTTTCCATTCTGACAAAATCAAACGTACCTTGGACTTGGAGATCAATATGAACCGGCAGGGGCTAAACTCCTAAACAAAACACTATCTAAATAACTTCGAGTTAAAGACAGTCGCAGGGCAACTCTCCTTTGGCAGGCCGTTTTGGTGAATTCAATCGCTACATGGCGATCGATCAAAGCTAGTAGCAGCTGGTATATACATACATGCACATAACCAACCGATATATGATGGTCTATCAAAGGCCACCATGTATATATATACACAATGCAATCACATATGGATGATTGCAATGTAGCACCATGGCCGGACTGTATATACCTTGGATGCATATACAATTACAAAATCACCTAGAATGCACCTGCCAGAGGAGAGCTGCCTACTACTGTCTTCAACTAGTTCTTGCACCTCTCTCACATCCACGCTCACACTCACACACCTACGAATGCATCACAAAGACTTAGAAGACTTGCCTCTTGTCTTCCTAC 2 0 5' arm Oryza_sativa mirnest 100 osa-MIR399d 2e-162 -100 .............((.((((...((((.((((((((....(((((.(((((((((((((((.(((((((((((..((.((((((....)))))).))....((((......)))).(((((((.(((((((..((((...........)))).((((((.....)))))).))))))).)))))))(((.((((((((........)))))))).))).((......))..((.(((((((...........))))))).))......))))).))))))..))))))))))))))).)))))...)))))))).)))))))).))................ (-100)