mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGTGCACCTGGTGGTGCACT TGCGAGACCGGGAACGCGCCGCC GGACTGGTGCGGTGCGAGACCGGGAACGCGCCGCCGGCGACGGTGGTGCACCTGGTGGTGCACTCGCCGGAGG ATCCTCACCAACTCACTCCCTTGAAAAGCTAGACACACACACATGGCCAAGCAGCTCGCCCTCGTTCTCCTCGTCGCCGTCGTGGCGGCGGCGGCGACGTCGGTGGCCGCCGCCACCAAGCTGACGCTCCACAACCTGTGCCCGTACCCGGTGTGGACGCTGGTGAAGCCCAACACCGGCTTCCCTTCCATCTCCGGCAACACCGCGCGGCTCGACGGCGGCGGGCGCGGGCTCCTGTCGTACGACTTCCCGGCGAGCTTCTGGGCGGGGCGCCGTCCGGCGCGCACCGGGTGCGGCGGCGGCGGCGGACTGGTGCGGTGCGAGACCGGGAACGCGCCGCCGGCGACGGTGGTGCACCTGGTGGTGCACTCGCCGGAGGGGGCACAAGAACTGG 3 2 3' arm Oryza_sativa mirnest 100 100 -43.3 ...((((((.((((((..((((((...(((((((((....))))))))).))))))..))))))))))))... (-43.3)