mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AACTCCCTCCGTCTCAAAATA TTGTGAGGCAGAGGGAGTAGC TGCTTGCTACTAACTCCCTCCGTCTCAAAATAAATCAACTTCTAGCTACGAACCTGGATATAGGTTATGTCCAGGTTTGTAGCCAGAAGTTGATTTATTGTGAGGCAGAGGGAGTAGCTAATTACT GCGCATTGGTGCCTGCTTAGTGAATATATGTCGTTCCACATCACAAAACATTCTTTGGAAGCCCTAGGATGAACTATTTAGGGGGCTTAATCTGCAGTGTGATTTTTGTGAACTGTGTTTCCAGTTGAGAAACAGTATGCTGTTGTTCAAATGTGTGTCGTGTGAACACAAGGTAGATCCTTTTGTAGTCACAACCTACAAGGACACTGTTTCAATTCAGTTTTTTCTCTCACTGTAGCTGTATGCCCAGTTTTGATATATTTAACTGCAACATGCAGTAGCTCCTTTAGTTATTTTCCTTTTGGTACTTATCTCCATCTATGAATCAGATATTGAAAAGGGAGTCAACAGAAGACCCTTGTATGAGAGTCATCCTTTATCATCATTTTCGTGGACAACAACTGACAATATGGATATGGTATTTTTAATGTTACATTTCTGTATTCTTTACAAAATCATTTTGGCCTGCATCAACGTGTTATTTTTTGGTCATTGTGTTGGCCATTCCAAACATTTCATCTGTGTTCAACCTTGGCTGTAACTAACTTTGTTGATGAAGCTTGAGGTTGCATAACATAGTCAACCACAAAGCTAATCAAATATTGACTTGCTTGCTACTAACTCCCTCCGTCTCAAAATAAATCAACTTCTAGCTACGAACCTGGATATAGGTTATGTCCAGGTTTGTAGCCAGAAGTTGATTTATTGTGAGGCAGAGGGAGTAGCTAATTACTCCCCCCGCTTCATATTATTAGTC 3 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 8e-49 100 -69.1 .....(((....((((((((.((((((.(((((((((((((((.((((((((((((((((((...)))))))))))))))))).))))))))))))))).)))))).)))))))))))........ (-69.1)