mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTCTCAAAAAA TTTTTTGATGGAGCGAGTACA ACCACCGCACATACTCCCTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAACCTAGTTTCCGTGTCCATCGTTTAACCGTCCTGTCTTATTTGAAAAATTTGTGAAAAAATTTAAAAAGATAAGTCACGCATAAAGTATTAATTATGTTTTATCATCTAACAGCAATGAAAATACTAATTATAAAAAAATTTCATATAAGACGGATAGTCAAACGTTGGCCACAAAAACATAGGGTTTGTCTTTTTTTTTTTTGATGGAGCGAGTACAGCACCAGT TTTTTTTTTTTTTTTTTAATAATGATTCAGCCAGTCGCTTCTTTAGTCGAATTATGAAAAACACGACCTTGACAAACACGACATTAACCAAGTACAGAAAAATGAAGTTCGTGAAAACATGTGATGAGCTTGGTAAAACCACGTGTGTCCCAATTTTCAAACAAAAGCCCCGTTTAATGGGAATTTTGTTCGACGACGGGCGGAACCCCCCAAAAGTCCAAACTTTCTCCACAGTCTGCACCACGTGAAGTTGCCGTTCCGTCGTTGCCCCCACCAACCACCACCGCACATACTCCCTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAACCTAGTTTCCGTGTCCATCGTTTAACCGTCCTGTCTTATTTGAAAAATTTGTGAAAAAATTTAAAAAGATAAGTCACGCATAAAGTATTAATTATGTTTTATCATCTAACAGCAATGAAAATACTAATTATAAAAAAATTTCATATAAGACGGATAGTCAAACGTTGGCCACAAAAACATAGGGTTTGTCTTTTTTTTTTTTGATGGAGCGAGTACAGCACCAGTACAACGCATG 3 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR812 2e-32 osa-MIR812o 0.00000000000006 -64.7 ......((...(((((.(((((((..((((((((((.((((((.((((..(((.(((.(((((.((.((((.(((((((.(((((..(((((((...................))))..((((((((((.(((.((((.........))))..)))...))))))..))))..)))..))))).))))))))))).)).))))).))).)))..))))...))))))...))))))))))..))))))).)))))..))...... (-64.7)