mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTCTCAAAAAA TTTTTGGATGGAGCGAGTACA ACCACCGCACATACTCCCTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAACCTAGTTTCCGTGTCCATCGTTTAACCGTCCTGTCTTATTTGAAAAATTTGTGAAAAAATTTAAAAAGATAAGTCACGCATAAAGTATTAATTATGTTTTATCATCTAACAGCAATGAAAATACTAATTATAAAAAAATTTCATATAAGACGGATAGTCAAACGTTGGCCACAAAAACATAGGGTTTGTCTTTTTTTTTTTTTGGATGGAGCGAGTACAGCACCAGT ATTAACCAAGTACAGAAGAATGAAGTTCGTGAAAACATGTGATGAGCTTGGTAAAACCATGTGTGTCCCAATTTTCAAACAAAAGCCCCGTTTAATGGGAATTTTGTTCGACGACGGGCGGAACCCCCCAAAAGTCCAAACTTTCTCCACAGTCTGCACCACGTGAAGTTGCCGTTCCGTCGTTGCCCCCACCAACCACCACCGCACATACTCCCTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAACCTAGTTTCCGTGTCCATCGTTTAACCGTCCTGTCTTATTTGAAAAATTTGTGAAAAAATTTAAAAAGATAAGTCACGCATAAAGTATTAATTATGTTTTATCATCTAACAGCAATGAAAATACTAATTATAAAAAAATTTCATATAAGACGGATAGTCAAACGTTGGCCACAAAAACATAGGGTTTGTCTTTTTTTTTTTTTGGATGGAGCGAGTACAGCACCAGTACAACGCATGCATCATGCATGTCAAATGTGCCGTCGCCGAGATGGCCACGACT 2 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR812 2e-32 osa-MIR812o 0.00000000000006 -67.8 ......((...(((((.((((((((.((((((((((((((((((.((((..(((.(((.(((((.((.((((.(((((((.(((((..(((((((...................))))..((((((((((.(((.((((.........))))..)))...))))))..))))..)))..))))).))))))))))).)).))))).))).)))..))))...))))))...)))))))))))).)))))))).)))))..))...... (-67.8)