mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTCTCAAAAAA TTTTGGGACTGAGTGAGTACA ATTTAATGGTGTACTCCCTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAGGCAAAATATGACCCTCCTAGTACAATGAATCTAGAGAACCTTTTAACTAGGAGGAGAGGTGACCCTTCTTAGGTTGTCTTTTTTTTGGGACTGAGTGAGTACATGTTACTA GTTTGATCAAGTTTATAGGAAAATATAGCAACATTTTGAACACAAAATAAATATACTATCAAAATATATTGAATGATGGATTTATCGAAACTAATTTAATGGTGTACTCCCTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAGGCAAAATATGACCCTCCTAGTACAATGAATCTAGAGAACCTTTTAACTAGGAGGAGAGGTGACCCTTCTTAGGTTGTCTTTTTTTTGGGACTGAGTGAGTACATGTTACTATGTTTTTCTATAAATTTGATCGAATGTTTGATTTAGGACAGGCCCAAAGTGACATAATATAAAATGGAGGGAGTGGTTTTTTTTCTTTCTTTAATATGTAAGTTCTTAGATCAAACCTTATACAGAACACTTGTCTGGATCTG 2 0 5' arm Oryza_sativa mirnest 100 100 -43.3 ........((((((((.(((.((((((((((((......((((((..((.((.(((((((((........................)))))))))..(((....))))).))..)))))))))))))))))).))).))))))))....... (-43.3)