mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCGCCGGGGCTGCGTGCCG GGTGCGCATCCCCGTCGAGCG GACGGGGTGGAGGTGGCGCCGCCGAGCCTTGCTCGCCGGGGCTGCGTGCCGCCATAGCTGGTGCGCATCCCCGTCGAGCGTTGCTCGACGGTGCCCTAAGCACCCGCC GATTCTCTCCTCCCCTCTTTCTCTCACGCCCGCGGCGACGGTGAGCGAGACGATGACGACGGCGAAGCGGCGCACGACGGGGTGGAGGTGGCGCCGCCGAGCCTTGCTCGCCGGGGCTGCGTGCCGCCATAGCTGGTGCGCATCCCCGTCGAGCGTTGCTCGACGGTGCCCTAAGCACCCGCCGGTCGCTCGCGCGAGGAAGATCCGCGGCGGCGACGGCGAGACGGGGCGGCGACGGCTACCTCAGCGAGGCGGCGTCGGCGAGACGAGCACGCGAAGAGGAAGAGCCGGGCCAGCACGACGGGTCGCGAGGCCGCTCGGGGACCAAGTCCTCGGGCGCGCGCTCGCCTCTTTCCGGCGTCGGTGGCGACACGGTGGTCGCCGCCGGCCACCATGGCCCTTAAACGCTGCAGCTTCGAAAGATCCGCTCTTCGTGGAGGTTGAAGCCGACGTTTGGGAAAGCGAGCAAGGAACAAATTCAGCCAGTGAATCCATCACGGTGAGGTGGTTGCTGCTGGTGCTGAAACTGAAAGCACAGGGGATGCGCGCCTGCGTAAGCCGACACCCGTTTGACACGATGATGCATCATGCTGGCGCT 2 1 5' arm Oryza_sativa mirnest 100 osa-MIR531 3e-38 -63.2 ....(((((..((.(((((((.(((((..((((((.(((((.((((((((((....)).)))))))).))))).))))))..))))).)))))))))...)))))... (-63.2)