mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATCTTATAACCTGAAACGGAG TCGTTTCAGTCTATAAGGTTT GGAATACTATCTATAACTCGTTTCGTTTCAGTCTATAAGGTTTTAACTTTGGTGAAAGTCAAACTGTTTTAAGTTTGACCAAGTTTATAGACGAATATAGTAATATTTATATTACCAAAATAATTTTATTAAATTAATAATTAAATATATTTTAATAATAAATTTATCATGAGTAAAAAATATTACTATTTTTTCTATAAACTTAATCAAACTTGAAGCAGTTTGACTTTGACCAAAGTTAAAACATCTTATAACCTGAAACGGAGGGAGTAATAGTTTTGTCAC TTTGGAAGCAAAAGACAATTCTAGACCTAGGCAGATACTTCCTCCGGTCATTCAGACAAGATTTGGTCAAACTTTTAAAATTAGACACTAACAATTTGGAATACTATCTATAACTCGTTTCGTTTCAGTCTATAAGGTTTTAACTTTGGTGAAAGTCAAACTGTTTTAAGTTTGACCAAGTTTATAGACGAATATAGTAATATTTATATTACCAAAATAATTTTATTAAATTAATAATTAAATATATTTTAATAATAAATTTATCATGAGTAAAAAATATTACTATTTTTTCTATAAACTTAATCAAACTTGAAGCAGTTTGACTTTGACCAAAGTTAAAACATCTTATAACCTGAAACGGAGGGAGTAATAGTTTTGTCACCTTGCGAGGATGACAAGCCTGTCAAGAAGCATCTGGATCCTGAAAGATGGCTGGTGAATCGTCATGAGCACAATGCTCCCTCCTCTGGCGATGTCCTTCACCTTCTCCACCACGCTGTGCGCGCTGGTGGAGTCGAGACCGGAGGTCGGCTCGTCGAGGAAGAGGAGGGAAGGTTTGTGGATGATGTCTATGCCGATCGACACCCTCCGGCGTTCCCCACCGGAGACTCCTCGGGTCCCTTCATCCCCAATGTACGTGTGAGCCCGTTGTCTGCATTTTGGCACACAGATTGTCAATAAAAATGAGCAAGCTGCTAACCTAGCTTGTAGAGTATAACAGCTACAATTCTGTCGATATTATTTGGTAAATGGTCAGATTAGAGAGATTTTTACGTTCTAAGGATACCGTATTTTTTAATGTAAAATTTGGTATCTCTCGGTATTAATTTGAACTGGGTACATTCCTCAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGCCAGCTTGGCCTCCAGGGGGGGGCCCGGAACCCAAATTCCCCCCAAAAGGGAGTCGGAATTACCCCGCCGCCCCCTGGGCGGCCTGTTTTAAACAGGCGGGGGCGGGGGAAAACCCCGGCGGGTTCCCCAATTAAATACCCCTTGGAGGCACACCCCCCCTTTTCCCCCCGGGGGGGGAAAAAGAGAAAAAGACGCCCCGCCCCCTTCGCCCTTCCCCCCCACCCTTTTCCCCCCCCCCCTAGGGGGGGGAGAAGGGGGAGCGCCCCCGCGCTCGCGGCGCCCCTATATAAACCGCGCGGGGGGAGGGGTGGGGGTGTGTGGGGAGGAGCGGGAGGAAGCACAAAACTCCTTTACCAACCCCGCCAACCCGGCGCCCCCCCGCCCCCTCCTCTCTCCTCTTTTCTTCTCTTTTCCCTCTTTCTTTTCTTCTCTCTCCTCTTGCTCCCCGGCGCGTGTCTTCTCCACTGCC 4 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 0.00000000000008 osa-MIR819i 0.00001 -99.7 .((.......((((.((((.(((((((((((..((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((..(((((((((((.(((.((((((((((((...((((((..((((.(((((((....((((........))))....))))))).))))..)).)))).))))))))))))))).)))))))))))..)))))))))))))))))))))))).))))))))))))))..))))))..))))))))))).)))).)))).....)).. (-99.7)