mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGCACTGCCTCTTCCCTGGC CAGGGAACAAGCAGAGCATGG AAAGGTTAGATTGGTATTGCAATGAAAGAAGTGGTAATGATAGAGAGAGACAGGGAACAAGCAGAGCATGGATTGAGTTTACTAAAACATTAAACGACTCTGTTTTGTCTCTACCCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCCCTCTTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCTATTTCTTTCTCTCCTTTCATTTCAATGGATTTTT 6 0 3' arm Arabidopsis_lyrata mirbase MIR408 2e-47 ath-MIR408 8e-56 -59.59 (((((((..(((((.........(((((((((((....((.((((((((((((((((...((((.((((((...(((.....(((((((...........))))))).)))...)))))).))))...))))))).....................))))))))).)).......)))))))))))............))))).))))))) (-59.59)