mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATCTTATAACCTGAAACAGAG TCGTTTCATATTATAAGGTTT AGTTTGCTTCCCTGGAATTTCCTTCGTTTCATATTATAAGGTTTCTAGCATTACTCATATTCACATATATATATATATGATAATATTCTAGATTCATTATCATATATATGATTATAGGTAATGCTAGAAAATCTTATAACCTGAAACAGAGGGAGTATATATAATTCGGTA GTCAGCCAGCCTTCACAAGCTTCTCTCTTCGCTTGTTATTAAGAGCAAGCAAACAGATAGTCTAGCGAAGCGAGACTGCGAGAGCAGAACATTGCTCTTCTTCTCTAGCTATTAGTGGTGGGGAATAATGGATCCCGCCGCCACCGCAGCAATGGCCCTCGCGCCGGCTCCTTCCCATCACCGTCACCGTCACCGTGTCGAGCAGCTGCAGGTCCCTCCGTCTGTCTCCGTCTCCGTGCCCCTCCGCTCCGGATTCCTTGGCCGCGCACTGCCTGCTGCTGCCCACCCACAGCCGCTGCTCGCCGCCGAGAGCCGCCGCAGCAGCGCCGTGTCCGTGCGGATGGCGTGGGACGGGCCCCTCTCCTCGGTCCGCCTCATTATGCAGGGCCGCAACGACAAGGTTCTCCTCTCCTACTGCTACCACTAGTTTGCTTCCCTGGAATTTCCTTCGTTTCATATTATAAGGTTTCTAGCATTACTCATATTCACATATATATATATATGATAATATTCTAGATTCATTATCATATATATGATTATAGGTAATGCTAGAAAATCTTATAACCTGAAACAGAGGGAGTATATATAATTCGGTAATGGAACTAGAGTATTTGTTTTATTAATTGGACCTTTATGACATACTAGTAGAATTCAACGAAACTACATTCTTCTTTATTGGTTATATTACTAGTAATTTGCTTCACTAGAATTCTATTGTATACTAGAGAGATTAAAAATTATTACAAAACTAACTGTATACCCGTTGCAACGGAATAGTAATATGGACCTATTACTTATTACT 3 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 0.0000000002 osa-MIR819b 0.000000002 -49.5 ...........(((((((((((((.((((((..((((((((((((((((((((((.(((.(((........(((((((((((((...........)))))))))))))))).))).))))))))))).)))))))))))..)))))).))))))))........))))).. (-49.5)