mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTCTCATAACCTGAAACGGAG CTGTTTCAGATTATAAGACGT AAACTACTTCCTCTGTTTCAGATTATAAGACGTTTTTGACTTTANTTAAAGTCAAACTACTTTATGTTTAACTAAGTTTGTATAAAAATTAGTAACATTTTCAATCCAAAACAAATTTATTATAAAAATATATTCAATTATTGATTTGATTAAACTAATTTAATATTATAAATATTACTATATTTATCTATAAACTTAGTCAAACTTTAAACCGTTTAACTTTGACCCAAGTCAAAACGTCTCATAACCTGAAACGGAGGCAGCATTA TTTTTTTAACGAAGGTAGGCTCTCTTTATAAAGGCAACGCAAAATATATCTATACAAGTAATTCCACATGAGATATGGCCCATTGATCTGGACATAAAATTCATGTGTAAAAGTGAACTTACTTTGAAACTACTTCCTCTGTTTCAGATTATAAGACGTTTTTGACTTTANTTAAAGTCAAACTACTTTATGTTTAACTAAGTTTGTATAAAAATTAGTAACATTTTCAATCCAAAACAAATTTATTATAAAAATATATTCAATTATTGATTTGATTAAACTAATTTAATATTATAAATATTACTATATTTATCTATAAACTTAGTCAAACTTTAAACCGTTTAACTTTGACCCAAGTCAAAACGTCTCATAACCTGAAACGGAGGCAGCATTACTCTTACAAAGGTGTCCTCAATAATATATACCACAGTCGTGCAGTCAGATCTACAACAGCTGCAAAGCTCTCTGGAAGTCCGGGTTCAGATTATTCTTACATTTTTTTTACAGCTCACAAATGAAGGGGGAACAGACTTTCAGTTCAGATTTCAGAATGTATTCTATATTCAATGAACATGAAGGTGGCATTCGCCGGAGAGGGCAGGGAAATTGCCCTTTGCCCCATTATTTTTCGCACATGCTTCATTGGGCGAAACTGTATTGGATGTGTGTATCTCAGCAATCTCTCCAGAGCGATCGAGGACGCGGAAATGAATGCAAGCTACCGAGGCGGGAACAACGCAGAAGTGAAGGGACCTTTAAGCAATCCCGCTGGCGACGAGCGCNNNAACCAAGAAAACAAGAAAAGGCAAAAGAACAGAGAAAGGAAAAAAGACAGCGAAAAAAAAAAGAGACAACAACAGAAAAGACAAAAAAAGAAAACAAC 2 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 0.00006 100 -64.7 ......((.((((((((((((.((((.(((((((((.(((((...(((((((.((((...((((.((((.((((((((((((((((...((((((.((((..(((.((((.((((((...((((....))))...)))..))).))))((((((....)))))))))..)))).))))))..))))..)))))))))))).))))..))))..)))).)))))))...)))))))))))))).)))).)))))))))))).))..... (-64.7)