mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTCTTACAACCTGAAACGGAG CCGTTTCAGGTTACAAGACGT ATATTACCTCCGTTTCAGGTTACAAGACGTTTTGACTTTAGTCAAGGTCAAACTGCTTCAAGTTTAACTAAGTTTGTAGAAAAAATAATAACATTTTTAACCCAAGACAAATTTATTATGAAAATATATTCAATTATTGATTTAATAAAACTAATTTGGTACTAGTATTACAAATATTACTATATTTTTCTATAAACTTAGTCAAATTTAAATCAGTTTGACTTTAACCAAAATCAAAACGTCTTACAACCTGAAACGGAGGGACTA TTACGGTGGAGGAGACGTTGGACAGCAGCGTGGAATGTGCCAAGAGGCTGGGATTACTTTGAGCGTGCCAAGCAGTATAATTTCTGTCCTAATGTCTGTATTTGTTCCGGCCCTTTTACTCCAACCGTATCTAAGAAATGTACCCTAAAGCTATCAGAACATTGTTCATCGATAATATTACCTCCGTTTCAGGTTACAAGACGTTTTGACTTTAGTCAAGGTCAAACTGCTTCAAGTTTAACTAAGTTTGTAGAAAAAATAATAACATTTTTAACCCAAGACAAATTTATTATGAAAATATATTCAATTATTGATTTAATAAAACTAATTTGGTACTAGTATTACAAATATTACTATATTTTTCTATAAACTTAGTCAAATTTAAATCAGTTTGACTTTAACCAAAATCAAAACGTCTTACAACCTGAAACGGAGGGACTACC 2 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 0.00006 bdi-MIR5169 0.00000001 -89.7 ......(((((((((((((((..((((((((((((.(((.((.((((((((((((.((.((((((.(((((((((((((((((((((.(((.((((.(((.(((((.....(((((((....((((........))))....))))))).....)))))........))).)))).))).))).)))))))))))))))))).)))))).)).)))))))))))).)).))).))))))))))))..)))))))))))))))..... (-89.7)