mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTT GAGCTCCTTGAAGTTCAATGG GGAAGAGCTCCTTGAAGTTCAATGGAGGGTTTAGCAGGGTGAAGTAAAGCTGCTAAGCTATGGATCCCATAAGCCTTATCAAATTCAATATAATTGATGATAAGGTTTTTTTTATGGATGCCATATCTCAGGAGCTTTCACTTACCCCTTTAATGGCTTCACTCTTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTTCATCTCTC 3 0 3' arm Arabidopsis_thaliana mirbase MIR159 2e-93 aly-MIR159b 2e-62 -85.6 .((((((((((((..(((((((.(((((((..(((((((..((((((((((.((.((.(((((...(((((((((((((((...(((((...)))))))))))))).....))))))...))))).)).)).)))))).))))..))))......)))..))))))).)))))))..))))))))))))....... (-85.60)