mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCCT GAGCTCCCTTCCTCCAAAAC GTGTAACAGAAGGAGCTCCCTTCCTCCAAAACGAAGAGGACAAGATTTGAGGAACTAAAATGCAGAATCTAAGAGTTCATGTCTTCCTCATAGAGAGTGCGCGGTGTTAAAAGCTTGAAGAAAGCACACTTTAAGGGGATTGCACGACCTCTTAGATTCTCCCTCTTTCTCTACATATCATTCTCTTCTCTTCGTTTGGATTGAAGGGAGCTCCTTTTCTTCTTC 1 1 3' arm Arabidopsis_thaliana mirbase MIR159 6e-125 aly-MIR159c 6e-60 -91 .......((((((((((((((((.((((((.(((((((((...(((..((((((.......(.((((((((((((.((.(((..(((((.(((((.((((......((((....)))).....)))).))))).)))))..))).)).)))))))))))))....)))))).....)))......)))))))))))))))..))))))))))))))))....... (-91.00)