mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCAATGCATTGAAAGTGACTA GTCACTTTCACTGCATTAATC TGCTTGATCTCGGTTTTTGACCAGTTTATTGCGTCGATCAATGCATTGAAAGTGACTACATCGGGGTTCCGATTTTTTTTGTTCTTCATATGATGAAGCGGAAACAGTAATCAACCCTGGTTTAGTCACTTTCACTGCATTAATCAATGCATTTGTAAAAAGAGGGAAAAGCA 2 0 5' arm Arabidopsis_thaliana mirbase 100 ath-MIR161 6e-81 -65.2 .((((..((((..((((((..(((.....(((((.(((.((((((.((((((((((((.(((((((((..((((....(((((((((((...))))))....))))).))))))))))))).)))))))))))).)))))).))).))))).)))))))))..)))).)))). (-65.20)