mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGATAAACCTCTGCATCCAG GGAGGCAGCGGTTCATCGATC TAGTTGGAAGAAGAGTGAGAGTCGCTGGAGGCAGCGGTTCATCGATCTCTTCCTGTGAACACATTAAAAATGTAAAAGCATGAATAGATCGATAAACCTCTGCATCCAGCGTTTGCCTCTTGTATCTTTCTTATTGACTT 3 0 3' arm Arabidopsis_thaliana mirbase MIR162_2 2e-43 aly-MIR162a 1e-41 -57.5 .(((..(((((((((..((((.(((((((.((((.((((.((((((((.(((.(((....((((.....))))....))).))).)))))))).)))).)))).))))))).....))))..).)).))))).)..))). (-57.50)