mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGCCAAGGATGACTTGCCGA GGCAAGTTGTCCTTGGCTACA GTGACGAAAGTAGTGTGCAGCCAAGGATGACTTGCCGATTTAAATGATCTTTCTTTATACTCTATTAAGACAATTTAGTTTCAAACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAAGGATTCAGGAAGAAATTAGGATATATTATTCCGTATAAAATACAAGATATATAAAACCAAAAAGAAAAAGTAACATGATCGGCAAGTTGTCCTTGGCTACACGTTACTTTGTGTCGC 3 0 5' arm Arabidopsis_thaliana mirbase MIR169_2 4e-83 aly-MIR169a 4e-36 -77.86 (((((((((((((((((.(((((((((..((((((((((((((((..((((...............))))..))))).......((((((((((((((((((((((((.....)))))))))))...(((........)))..........................))))))))))))).....)))))))))))..))))))))).))))))))))).)))))) (-77.86)