mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGCCAAGGATGACTTGCCGG GGCAAGTCATCTATGGCTATG TCGTCCATTATGAGTATTAATTATGGTTAGGGAATCTTACAGAATGAAAATGAAGGTGTGAATGGATTGTCTCATCTAAAGCCTTGAATGTGGGAAAAAGGCCATTGTTGTTCAGCCAAGGATGACTTGCCGGTAGCTTGTATTATGATTACTCTATATTCGATTTATATTATGGAGATGATGGTTTATATATATTTACTTATCTACATAGTTTTAGTTGATTTTTTTTCGTACGTAATATAATACGAAAAAGTATTTACTTATTTATATATGTGTGTTGGGGCAAGAAGTGTAACCAAGCTAGCCCGGCAAGTCATCTATGGCTATGCAACTGTCTCTTCCTCTCATTCTAGGCTTACGATGACACGTAAAAAATCCCAAATATCACTAATATGATATGAATATGGATGA 2 0 5' arm Arabidopsis_thaliana mirbase MIR169_2 3e-57 aly-MIR169c 5e-40 -131.62 ((((((((.((..((((((((((((((..((((.((.(((...((....))....))).)).......((.(((((..((((((.(((((.(((((..((((....(((((..(((((.(((((((((((((((((((((....((.(((((((((((............))))))).)))).)).....(((((((.((((.(((((((.....(((.(((.((((((((((..........)))))))))).))).)))........)))))).).)))).....)))))))..)))))))..)))))))))))))).)))))..))))).)))).)))))..))))).))))))..))))).))........))))....)))).)))).))))))..)))))))))) (-131.62)