mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAGCCAAGGATGACTTGCCG GCAAGTTGACCTTGGCTCTGT TGCCTATAAATACCTTCATCACGAGTATGACAAGATCACAAGACAAGAAAAGAAAGGTAGAGAAAACATGATAATGATGATTACGATGATGAGAGTCTCTAGTTGTATCAGAGGGTCTTGCATGGAAGAATAGAGAATGAGGTTGAGCCAAGGATGACTTGCCGGGTTTTTTTACCAATGAATCTAATTAACTGATTCTGGTGTCCGGCAAGTTGACCTTGGCTCTGTTTCCTTCTCTTCTTTTGGATGTCAGACTCCAAGATATCTATCATCATGAATCGTGATCAAACTTTGTAATTTCATTGAAATGTGTTTTTCTTGATGCGAATTTTTTGGCTTACGGTTTTTCGATTTGAATGATCAGATTTTTGTTTTTGCA 2 0 5' arm Arabidopsis_thaliana mirbase MIR169_2 1e-40 aly-MIR169g 3e-60 -115.43 ........................(((.(((((((((..(((.(((((((........(((((((((((..(((((((((((((((((((((.((.........(((((...((((((.((((((((((..((((((.((((..(((((((((.((((((((((((......(((((..(((((.........)))))))))))))))))))))).)))))))))..)))).))))))))))))..)))).))))))...))))))).))))))....)))))))))............))))))..)))).))))))).........))))))).)))..((((.(((.....))).)))).)).)))))))..))). (-115.43)