mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGATGACTTGCCTG GGCAGTCTCCTTGGCTATC TTAGAAGGAGATGTCAAAGATGAATAGGAGAACAATATTTGGTAGCCAAGGATGACTTGCCTGCTTCTCTGAACAAAATGGTCGATGTCATGTTTTGAAGTGACTATAAGTTATACCAAGAAATGACCATTTTGTTTATAAATAGACATCAGGCAGTCTCCTTGGCTATCCTTATATGTTCTTCTTTCTCAACTCAGATATTTACCTTCATCC 0 2 5' arm Arabidopsis_thaliana mirbase MIR169_5 4e-89 aly-MIR169k 4e-67 -86.8 ...((((((((((((..((.(((..(((((((((.(((..((((((((((((.((((.(((((..(((.(((((((((((((((........(((((..(((((.....)))))..)))))..))))))))))))))).....)))...))))))))))))))))))).))..))))))))))))...))).))..))))))).))))).... (-86.80)