mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGATGACTTGCCTG GGCAGTCTCTTTGGCTATC ATGAAGAAGAGAGGTCTAATATGGCGAAAAGAGTCATGTTTAATAGCCAAGGATGACTTGCCTGATCTTTTTCACCTCCATGATTCAATTTTAAGTTCGTGGATTTTGGATTATTATGCGTTTAAAAGGTATAATAATTTGAGATCATGTTGAATCTTGCGGGTTAGGTTTCAGGCAGTCTCTTTGGCTATCTTGACATGCTTTCTTCATC 0 2 5' arm Arabidopsis_thaliana mirbase MIR169_5 1e-101 aly-MIR169j 1e-82 -81.24 (((((((.(((..(((.((((((((.......))))))))..(((((((((((.((((.((((((.(((....((((.((.((((((((............(((((..(((((((((((.(.....).)))))))))))..)))))..)))))))).)).)))).)))..)))))))))))))))))))))...)))...)))))))))). (-81.24)