mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGATGACTTGCCTG GGCAGTCTCCTTGGCTATC TAGAAGGAGAAGTCAAAGATGAATAGAAGAATCATATTTGGTAGCCAAGGATGACTTGCCTGTTTCTTTGAGTAAAATGGGTTAGTGTCATGTTTGACAAGTGACTATAAGTTATATCAAGCAATGACCATTTTACTCATCAAAAGACATCAGGCAGTCTCCTTGGCTATCCTTATATGTTCTTCTCTCTCATCTCAGACGTTTACCTTCAT 0 2 5' arm Arabidopsis_thaliana mirbase MIR169_5 2e-90 aly-MIR169m 8e-90 -93.71 ..((((((((.(((..((((((..(((((((.(((((..((((((((((((.((((.(((((..((((((((((((((((.......((((((((((...(((((.....))))).)))))).))))))))))))))))....))))...))))))))))))))))))).))..))))))))))))...))))))..))).))).))))).. (-93.71)