mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGATGACTTGCCTG GGCAGTCTCTTTGGCTATC GATGAAGAAGAGAGGTCTAACATGGCGGAAAGCGTCATGTTTAGTAGCCAAGGATGACTTGCCTGATCTTTTTCGCCTCCACGATTCAATTTCAAATTCATGCATTTTGGATTATTATACCTTTTAAAGTATAATAGGTCAAATATCATGTTGAATCTTGCGGGTTAGGTTTCAGGCAGTCTCTTTGGCTATCTTGACATGCTTTTTCCATCCAT 0 2 5' arm Arabidopsis_thaliana mirbase MIR169_5 1e-101 ath-MIR169j 2e-69 -79.3 ((((((((((....(((.(((((((((.....)))))))))..(((((((((((.((((.((((((.(((....((((.((.(((((((.........((((...((((..(((((((((........)))))))))..))))...))))))))))).)).)))).)))..)))))))))))))))))))))...)))...)))))).))))... (-79.30)