mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGAGCCGTGCCAATATCACG AGATATTAGTGCGGTTCAATC TGCAAGGTAACGCGAGATATTAGTGCGGTTCAATCAAATAGTCGTCCTCTTAACTCATGGAGAACGGTGTTGTTCGATTGAGCCGTGCCAATATCACGCGGTAAACCAAAAATGGCA 4 0 3' arm Arabidopsis_thaliana mirbase MIR171_1 2e-49 aly-MIR171b 3e-54 -46.7 .....(((..((((.((((((.(..((((((((((.(((((((((.((((........)))).))))..))))).))))))))))..).)))))).))))....))).......... (-46.70)