mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAATCTTGATGATGCTGCAG GGAGCATCATCAAGATTCACA AGCTACTGTTCGCTGTTGGAGCATCATCAAGATTCACAAATCATCAAGTATTCGTGTAAATAAACCCATTTATGATTAGATTTTTGATGTATGTATGAGAATCTTGATGATGCTGCAGCTGCAATCAGTGGCT 2 0 3' arm Arabidopsis_thaliana mirbase mir-172 2e-64 aly-MIR172c 5e-62 -57.1 ((((((((...((.((((.((((((((((((((((.((.(((((((((...((.(((((((......)))))))....))..))))))).))...)).)))))))))))))))).)))).))...)))))))) (-57.10)