mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAATCTTGATGATGCTGCAG GCAACATCTTCAAGATTCAGA AGTCATTGTTTGCTATTGCAACATCTTCAAGATTCAGAAATCAGATTCTCTTATGGGTTTTCTTTTGAGCCTTTATTTTTTGGTTTGAGAATCTTGATGATGCTGCAGCGGCAATTAAATGGCT 3 0 3' arm Arabidopsis_thaliana mirbase mir-172 2e-58 aly-MIR172d 5e-59 -49.2 (((((((..((((..(((((.((((.(((((((((..((((((((......((.((((((......)))))).))...))))))))..))))))))).)))).)))))..))))...))))))) (-49.20)