mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGACTGAAGGGAGCTCCCT AGAGCTTCCTTGAGTCCATTC AGAGAGAGCTTCCTTGAGTCCATTCACAGGTCGTGATATGATTCAATTAGCTTCCGACTCATTCATCCAAATACCGAGTCGCCAAAATTCAAACTAGACTCGTTAAATGAATGAATGATGCGGTAGACAAATTGGATCATTGATTCTCTTTGATTGGACTGAAGGGAGCTCCCTCT 3 0 3' arm Arabidopsis_thaliana mirbase MIR159 8e-96 aly-MIR319a 3e-92 -74.49 ((((.((((((((((.((((((.(((.(((..((.(.(((((((((((.(((.(((..((((((((.((..((.((((((................)))))).))..)).))))))))..))).)).).)))))))))))).))..))).))).)))))).)))))))))).)))) (-74.49)