mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGACTGAAGGGAGCTCCTT GGAGATTCTTTCAGTCCAGTC TAGATATAGAAGGAGATTCTTTCAGTCCAGTCATGGATAGAAAAAGAAGAGGGTAGAAATATCTGCCGACTCATCCATCCAAACACTCGTGGTAGAGAAACGATAAATTTAAACCGCAGTGACTGTGTGAATGATGCGGGAGATATTTTTGATCCTTCTTTATCTGTGTTTGGACTGAAGGGAGCTCCTTCTTTTTCTA 1 0 3' arm Arabidopsis_thaliana mirbase MIR159 2e-109 aly-MIR319d 8e-102 -86.9 ((((...((((((((.((((((((((((((.((((((((....((((((.(..(((((((((((.(((..((((.((..((..((((.(((((..(((.........)))..)))))))))..))..)).))))..))).)))))))))))..))))))))))))))).)))))))))))))).))))))))...)))) (-86.90)