mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGCTCAGGAGGGATAGCGCC CGCTATCCATCCTGAGTTCCA GAGAAATAGCTATAAAGCTCAGGAGGGATAGCGCCATGGCTCACCAGTGCTGTATGTTTTGTATATGCGTACATGTATATCTGTTGGCGCTATCCATCCTGAGTTCCATAGCTTCTTCTT 2 0 5' arm Arabidopsis_thaliana mirbase MIR390 1e-62 aly-MIR390b 1e-40 -58.2 (((((..((((((..(((((((((.(((((((((((.((....)).(((((((((((.........))))))).))))......))))))))))).)))))))))..))))))..))))) (-58.20)