mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCGCAGGAGAGATAGCGCCA ACGGTATCTCTCCTACGTAGC TAGAGTGATTACACATACAAGTGGTCTTGCTTCTTCTATGGTTTTAAAACTGCAAATAAAGATTTGCTTCGCAGGAGAGATAGCGCCATCACCTCTTCTAAGAAGTTAACTAGTGGTGACGGTATCTCTCCTACGTAGCAATCCTTATATATGCATCTTAATACGGAGAGATCAAGGTATTTCAGTTGTTCAATAATCACCCTCTA 4 0 5' arm Arabidopsis_thaliana mirbase 100 aly-MIR391 3e-46 -64.7 (((((((((((.....((((.((((((((..(((.((.(.((.((((...((((.((((((..(((((.((.((((((((((.((.((((((..((((...)))).......)))))).)).)))))))))).)).)))))..))).))).))))..)))).)).)))))).)))))....))).))))....)))))))..)))) (-64.70)