mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGCATTCTGTCCACCTCC AGGTGGGTATACTGCCAATA CTTACAGTCATCTTTGGCATTCTGTCCACCTCCTTCTATACATATATGCATGTGTATATATATATGCGTTTCGTGTGAAAGAAGGAGGTGGGTATACTGCCAATAGAGATCTGTTAG 4 0 5' arm Arabidopsis_thaliana mirbase MIR394 8e-61 aly-MIR394a 5e-28 -53.1 ((.((((((.(((((((((.(.(..((((((((((((.(((((..((((((((((....))))))))))...)))))..))))))))))))..).).)))))).))))).)))).)) (-53.10)