mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGAAGTGTTTGGGGGAACTC GTTCTCCTGAACACTTCATTG ATGTCCTCTAGAGTTCTCCTGAACACTTCATTGGAAATTTGTTATTCAGTAAGCTAACAGTTAATTCCACTGAAGTGTTTGGGGGAACTCCCGATGTCAT 3 0 3' arm Arabidopsis_thaliana mirbase mir-395 9e-51 aly-MIR395d 1e-37 -43 (((.(.((..(((((((((..(((((((((.(((((..((((((..........))))))....))))).)))))))))..)))))))))..)).).))) (-43.00)