mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCATTGAGTGCAGCGTTGATG CCAGCGTTGCGCTCAATTATG TGAATGAACATCATTGAGTGCAGCGTTGATGTAATTTCGTTTTGTTTTTCATTGTTGAATGGATTAAAAGAATTTATACCAGCGTTGCGCTCAATTATGTTTTTCTA 2 0 5' arm Arabidopsis_thaliana mirbase MIR397 1e-53 aly-MIR397a 2e-39 -42.8 .(((.((((((.((((((((((((((((.(((((.(((.(((((...((((((....)))))).)))))))).))))).)))))))))))))))).))))))))).. (-42.80)