mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTTCTCAGGTCACCCCTG GGGTTGATATGAGAACACACG TGGATCTCGACAGGGTTGATATGAGAACACACGAGTAATCAACGGCTGTAATGACGCTACGTCATTGTTACAGCTCTCGTTTTCATGTGTTCTCAGGTCACCCCTGCTGAGCTCTT 2 0 3' arm Arabidopsis_thaliana mirbase MIR398 3e-60 ath-MIR398c 2e-49 -51.5 .(((.((((.(((((.((((.((((((((((.(((.(((....(((((((((((((...))))))...)))))))...)))))).)))))))))).)))).))))).)))).))). (-51.50)