mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGAGTTGCCCTG GGGCATCTTTCTATTGGCAGG GGAGCAGTAATAGGGCATCTTTCTATTGGCAGGCGACTTGGCTATTTGTATCTTTTGTGTTCTTGACTATTGGCTATGTCACTTGCCAAAGGAGAGTTGCCCTGTCACTGCTTC 2 0 3' arm Arabidopsis_thaliana mirbase mir-399 5e-59 aly-MIR399c 1e-50 -57.89 ((((((((.((((((((.((((((.((((((((.(((.((((((...((................))...)))))).))).)))))))).)))))).)))))))).)))))))) (-57.89)