mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGAAACTGGTGTCGACCGACA TCGCTCGACACTCATCGCT TATATAGACCCTAAAAACGTCCAGGGACTAATAATGCAAATATGGAAATCTTCTGGGGCAAACTTGAGCTTCTGAAAACTTGAAAGCGTTTAGGGTTTTTGCTGGGCCGAAACTGGTGTCGACCGACACCAAGAGTGTGTCGCTCGACACTCATCGCTGATTCCTGAACCAAAATCGTTCTTAGTTTCCTTTTCCTTAGTTTTTGCTCCAAAATGTCTCCTTATCTCCATTGTTGTCCCATTGCATAGAA 4 2 5' arm Arabidopsis_thaliana mirbase 100 ath-MIR855 5e-76 -70.8 ......(((.........)))..(((((.(((((((...(((.(((.((.((.(((((((((.(((((.....(.(((((.((.((((.....(((((....(.(((.((....((((((((.(((((((....).)))))).))))))))..))))).).....))))).....)))).))))))).).....)))))..))))))))).)).)).))).)))...))))))))))))........... (-70.80)