mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTAACGCTGGCGGTTGCGGCAGC TGCCGCAACCGCAGGTTTCTTTGT TAGCATGTTCGTTTCATTAACGCTGGCGGTTGCGGCAGCGGCTGCGGTAGCGGTGGCGGCAAACACTACCGCAGGTTGTTGTTCGTTTTGTTGCCGCAGACGCTGCCGCAGCCGCTGCCGCAACCGCAGGTTTCTTTGTTCGTTTCGACG 6 0 5' arm Arabidopsis_thaliana mirbase 100 100 -87.2 .....((..((...((.....(((.(((((((((((((((((((((((((((...(((((((.((..((.((((....))))..))..)))))))))...))))))))))))))))))))))))))).))).....))..))...))... (-87.20)