mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGAGTTGGGTCTAACCCATAACT TTATGGGTTGACCCAACTCATTT ACCCATCAAATGAAATGAGTTATGGGTTGACCCAACTCATTTTGTTAAATGAGTTGGGTCTAACCCATAACTCATTTAATCATAAA 0 1 3' arm Arabidopsis_thaliana mirbase MIR405 9e-26 ath-MIR405a 3e-31 -47.2 .........(((((((((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))).)))))))))))))))...))))... (-47.20)