mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGCACTGCCTCTTCCCTGGC CAGGGAACAAGCAGAGCATGG AAGGTTAGATTGGTATTGCAATGAAAGAAGACAAAGCGGTAATGAGAGAGAGACAGGGAACAAGCAGAGCATGGATTGAGTTTACTAAAACATTAAACGACTCTGTTTTGTCTCTACCCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCCCTCTTTTTTTCTCTATATTTCTCTCTCTCCTTTCATTTCACAGCTTTCAATGGAATTTTATTGCTACTGCTAACG 6 0 3' arm Arabidopsis_thaliana mirbase MIR408 1e-55 aly-MIR408 1e-57 -65.1 ...(((((...((((..(((((((((......(((((.(.((((((((((((((((((((...((((.((((((...(((.....(((((((...........))))))).)))...)))))).))))...)))))))..........................))))))))...))))).)...)))))........))))))))))))).))))). (-65.10)