mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGGGACGAGATGTTTTGTTG ACGAAGCATCTGTCCCCTGGT CATTCTTAATATACAATACTACTTTTTCATCCATTAATCCCCTTACAATGTCGAGTAAACGAAGCATCTGTCCCCTGGTATTGTCTTCGAGCTTGGTGTGTTTTTCTAGCCAGCCCCAAGTTCTCGAGTTGATCATTGTTTGTATTCTGACACATTATTTGGGGACGAGATGTTTTGTTGACTCGATATAAGAAGGGGCTTTATGGAAGAAATTGTAGTATTATATATTGAGAATG 3 1 3' arm Arabidopsis_thaliana mirbase 100 ath-MIR447a 5e-110 -105.8 (((((((((((((.((((((((..((((.(((((.((.((((((...(((((((((.((((((((((((((((((..(((.((((...((((((((.(((((.....)))..)).))))))))..((((....((.....)).)))).))))...)))..)))))).)))))))))))).)))))))))...)))))).)).))))).))))..)))))))).))))))))))))) (-105.80)