mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCGATGTCTAGCAGTGCCA CACTACGTGACATTGAAAC TTTAAACGTTGCACTACGTGACATTGAAACTGTCTTTCAACATTCCAATATTTCAACTTTCGAATACCCAATATTTGGTTTGTTCAAAGACATTTTCGATGTCTAGCAGTGCCAATGTTTAAA 4 1 3' arm Arabidopsis_thaliana mirbase 100 100 -43.23 .((((((((((((((....((((((((((.(((((((.((((..((((((((.................)))).))))..)))).))))))).))))))))))....)))).)))))))))). (-43.23)