mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTGGAAATTTCGTTGACT GTCAGCTGAGCTTTCTCGTCATC AATGAGAGTAATATAGTTGAATCTTCGAAAGTATTTCAAGAAGTCAGCTGAGCTTTCTCGTCATCACTTATTAGTAAATATAGTCTCTATATTTTTGATGAGTGATGATTGGAAATTTCGTTGACTCATTACTCTTGATGATTCTGCTATGTTGCTGCTCATT 2 2 3' arm Arabidopsis_thaliana mirbase 100 ath-MIR779 2e-89 -69.5 (((((((((((((((((.(((((.((((.((((......((.((((((.(((.(((((.(((((((((((((((.((((((((...))))))))))))))))))))))).))))).)))))))))))..)))).)))).))))).))))))))))).)))))) (-69.50)