mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCGGGAAGCATTTGCACATG TGTGCAAATGCTTTCTACAGG CGACCTTAAGTATAAGTAGATATATGGGGATGTAACGCATGTTGTTTTCTGCGGGAAGCATTTGCACATGTTTCGTGGAGAATGAAATCACATTCCATACATGAATAATAATTACCTTTTAGATAGAACATCGTACTGCTTGAAAAAACATGTTAATGTCATAAACTTTATGATGAAAACACCTATAAAAAGCGTTTTTTCAAGCATGTGCTATCTATGAAGGTAATTACTATTCATGTATAAAATATGATTTTATCCTCCATAAAACATGTGCAAATGCTTTCTACAGGAAACAATATACGTTGCATCCCCATCTACTTACACTTAAGGTCGTTGT 2 0 5' arm Arabidopsis_thaliana mirbase 100 aly-MIR822 9e-97 -175.6 (((((((((((.((((((((....(((((((((((((.(((((((((((((..((((((((((((((((((((..(((((.(((((((((.(((..(((((((((((.((((((((((((((((((.(((......(((((((((((((.((((..(((((((.....)))))))..)))).((......)).)))))))))))))))).))))))).))))))))))).)))))))))))..))).))))))))).)))))..))))))))))))))))))))..))))))))))))).))))))))))))))))))))).))))))))))).... (-175.60)