mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGGTGGTGATCATATAAGAT CTTGTATGATCACTAACCATT AATTTCAGAGATACTAATCCAAGAGATGGCGGATACGTTTTACAATCACGAATCTTGTATGATCACTAACCATTGGAACAATAAGAGTATATAATGAGTATATCACCATTTAGTTCTAGTGGGTGGTGATCATATAAGATTGGTAATGGTAACAGTGAAACATATCCCCCATCTATTGGGATTAATTAGTC 1 0 3' arm Arabidopsis_thaliana mirbase 100 aly-MIR823 8e-31 -73.3 ..............((((((...((((((.(((((.(((((((....((.((((((((((((((((((.((((((((((...((..(((((((.....))))).))..))..)))))))))).)))))))))))))))))).))..((....))))))))).))))).))))))....))))))....... (-73.30)