mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCTCAAGAAGGTGCATGAAC TCAAGCACCAGCTCGAAGAAGC CTTTCTATAATTACTTTTTGTATAGAATTCACTAGTTGATTCCATCGACTCGTTCAAGCACCAGCTCGAAGAAGCTTAGCTAATTTATCTTAGAAAATAATGAAAAAGCTATGCTTCTCAAGAAGGTGCATGAACAAGTTGATGTATATTTTGATGTGTAAAGACCAAAATTGGATCTCACATGTG 4 1 3' arm Arabidopsis_thaliana mirbase 100 aly-MIR825 4e-42 -53.8 ..(((((((...........)))))))..(((..........((((((((.(((((.(((((..((.((.(((((.(((((..(((((..(.....)..)))))..))))).))))))).))..))))).))))).)))))))).........(((((...((((((....))).))))))))))) (-53.80)