mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAGATGACCATCAACAAACT TTTGTTGATTGATATCTACAC TTCCATGAAACGTTATAGGTTTTTTTCTTTCTCTCTTGCAACCCTTGAATGTGTTTGTTGATTGATATCTACACATGTTGATCATCCTTGTGTTGATCGATTGGTTTAGATGACCATCAACAAACTCTTTCGTGGTTTTGCATCGCTTCTTGGAATCTCGATCATGTTTTTAGCATC 4 0 3' arm Arabidopsis_thaliana mirbase 100 aly-MIR827 6e-47 -45.7 (((((.(((.((....(((......)))........(((((.((.((((.(.((((((((((.(.((((((.((..((((((((.........))))))))..)).)))))).).)))))))))).).)))).))..))))).)).))).)))))........((((.....)))). (-45.70)