mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTTGCTTAAATGAGTATTCCA AGATGCTCATTTGAGCAAGCAA GTGACAAAGTCACAAAAGTGATAAACTCTCCTTTCCACTTTCTAATGTTTCTTGCTTAAATGAGTATTCCATGTAAAAATGATTCACTCACTCGTATGGGTGGGTTGGGTTTTCTCTTCATGAGATGCTCATTTGAGCAAGCAATGTTTGGAAGTGGGACTATTTAATATCATGTATGAGTTTTATCTTTT 3 0 5' arm Arabidopsis_thaliana mirbase MIR828 2e-50 aly-MIR828 5e-60 -71.44 (((((...)))))......(((((((((....((((((((((.((((((.(((((((((((((((((..((((.......(((((((((((((....))))))).)))))).......))))..))))))))))))))))).)))))).)))))))))).......((((...))))))).)))))).... (-71.44)