mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAAATTAAAGCTTCAAGGTAG ACTTTGAAGCTTTGATTTGAA ACGTCAAAATTGATTAACAAAAAGTCAATGAATCATTCTACCAATTGACTTGTACTTTGAAGCTTTGATTTGAACCTGTCAATTGGTATCAAAGCTTCTAAATCTTTGAAGCTCTGATACCAAATGATGGAATCAAATTAAAGCTTCAAGGTAGTAGTCATCTTGGCAGAGAAAAGAAAAAGCACTTCGAGTTTACCATCTTGAT 1 0 3' arm Arabidopsis_thaliana mirbase 100 ath-MIR829 3e-114 -77.5 ...((...(((((((.......)))))))......((((.((((.(((((..(((((((((((((((((((((..((((((.(((((((((.((((((.........)))))).))))))))).))))))..)))))))))))))))))))))..)))))..)))).))))....)).........(((((........))))). (-77.50)