mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAACTATTTTGAGAAGAAGTG CCTCTTCTCCAAATAGTTTAGG CAGAGTCTCGCTAGTGTCTTTACTAAACACAAAATCTGTAAACGCCTCGATCTCCTCTTCTCCAAATAGTTTAGGTTAGCTGACATATAATAATTCAATAGACCCCAGTTTCTCCAGATAACCTAACTATTTTGAGAAGAAGTGAACGAAGAGCGATTACAAGTTAGGAGAGTGCTTGAATTTTGAAGAACATCG 3 1 3' arm Arabidopsis_thaliana mirbase 100 100 -49.05 ..(((((((.((.((((.........))))..((..(((((.(((((((.((.(.(((((((.((((((((.((((((.(((............((....))............))).)))))))))))))).))))))).).)).)).)).))).)))))..)).)).))).)))).................. (-49.05)