mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGTAGCAGTAGCGGTGGTAA ACCACCGCTTCTGCTACGAAC TACAACATATGTTACCAGTTGTGCTATCATTTTTTTCAGCGACAGCCAAAATCACCACCGCTTCTGCTACGAACATGTTAAGCCATCCTTTTAACCGTTGCTGCCACCACTATTACGGCCATCACAAGAAAATTCATGCAAGTGGAAACGGTGATAGTAGCAGCTGGTATGACACGTTGGTAGCAGTAGCGGTGGTAATGCCGATAGCGTGAGCGGCAATGGAAGCATTGGTGGTGTCAGAAGCAGTCA 4 0 3' arm Arabidopsis_thaliana mirbase 100 aly-MIR834 7e-63 -86.63 .........((.(((((.(.(((((.(((.........((....)).......(((((((((.(((((((.(((.(((((.((((..............(((((....((((((((.(((((..((.((....)).))...))))...).)))))))).))))))))).))))).))).))))))).)))))))))..((((....((....)))))).))).))))).).))))).)).......... (-86.63)